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1979年到1989年间阿富汗长达10年的冲突，为伊斯兰极端分子提供了一个集合点和训练场。1978年，共产主义政权在阿富汗建立，但是未能获得长久的控制。1979年底，苏维埃政府派驻了军队以确保这个国家能牢牢的掌控在莫斯科的影响力之下。随之而来的反应就是阿富汗全国抵抗运动并击败了苏维埃军队。
年轻的穆斯林们从世界各地涌向阿富汗，自愿参加这场反抗入侵者的“圣战”（jihad）。中东来的人数量最多。有些是沙特人，其中就有乌萨马·本·拉登。
1980年，本拉登抵达阿富汗时年仅23岁，他的父亲是沙特建筑业巨头，而本拉登是他父亲57个孩子中的第17个。本拉登身高6尺5寸，瘦削的身材，看上去不怎么俊美，但实际上他是个运动人士，是个熟练的骑术、跑步、登山和足球运动员。在沙特他就读过Abdul Aziz大学。出于某种考虑，他在大学中对宗教学习有兴趣，受到Qutb的信徒、一个巴勒斯坦人Abdullah Azzam进行的狂热布道的录音带的鼓动。在志愿者中，本拉登显得突出不是因为他展示了他学习宗教的证据，而是因为他可以动用他父亲巨额财富的一部分。尽管他本人参加了至少一次实地战斗，他主要还是作为一个慷慨资助反苏维埃圣战的人士为人所知。
和大多数其他志愿者相比，本拉登更清楚的意识到，阿富汗圣战的继续和最终的胜利依赖于一个持续复杂化、几乎全球化的组织的程度。这一组织包括一个财务支撑网络，以“金色链条”为人所知，主要由沙特阿拉伯和波斯湾国家的金融家建立。捐赠来自慈善团体或其他非政府组织（NGO，nongovernmental organizations）。本拉登和“阿富汗阿拉伯”很依赖该网络筹集的资金，其代理人周游世界购买武器和供给来支持“圣战斗士”（mujahideen）。
清真寺、学校以及公寓在世界各地（包括美国）作为了招募基地。有些是由伊斯兰极端分子或者他们的金融支持者建立的。本拉登在这一活动中扮演着重要的角色。他和教会人员Azzam参与创建了“服务部”（Mektab al Khidmat，简称为MAK），将招来的人员转送到阿富汗。
本拉登所做的努力所处的国际环境非常理想。沙特阿拉伯和美国为阿富汗反抗组织提供了数十亿美金的秘密资助，反抗苏维埃的占领。这一资助通过巴基斯坦注入：巴基斯坦人军事情报部（跨部情报理事会，Inter-Service Intelligence Directorate，简称ISID）帮助训练反抗者并分发武器。但是本拉登和他的同志有着他们自己的支援和训练来源，他们从美国得到的帮助很少，或者没有。
1988年4月，阿富汗圣战取得了胜利。莫斯科宣布它将在9个月内从阿富汗撤军。苏维埃开始撤退之时，圣战的领导者们开始争论接下来做什么。
本拉登和Azzam主张，为阿富汗而已经成功建立的组织不应被解散。他们建立了他们所称的基地或者说基础（al Qaeda），作为日后圣战可能用到的总部。尽管Azzam被认为是MAK的一号人物，到1988年4月，本拉登已然明确成为基地的首领（emir）。这个组织的结构中包括情报部门、军事委员会、财务委员会、政治委员会以及负责媒体事务和宣传的委员会，作为其运作机构。它也有一个顾问团（Shura），由本拉登的核心成员组成。
本拉登对基地组织领导的担任，明确表示出他日渐增长的信心和野心。很快他就明确表明他的意向是不可被挑战的控制，以及在世界的任何地方准备好圣战斗士，发动战争。与之相反的，Azzam倾向于继续在阿富汗战斗直到建立一个真正的伊斯兰政府。而且，作为一个巴勒斯坦人，他将以色列视为下一步行动的头号重心。
不管这一争论是出于权力争夺，个人见解不同还是策略不同，它在1989年11月24日终止了。一个远程控制的汽车炸弹杀死了Azzam和他的两个儿子。杀手被认为是敌对的埃及人。其结果是本拉登无可争议的掌控了MAK的剩余部分以及基地组织。
透过类似Qutb这样的作家，以及沙特教育系统中的埃及伊斯兰教员，伊斯兰已经在本拉登和他的基地成员中有了强烈的知性的影响。20世纪80年代后期，萨达特总统被刺杀后，埃及伊斯兰运动受到政府严重的打击，开始注重在两个主要的组织：伊斯兰团体以及埃及伊斯兰圣战。两者——特别是后者的精神导师——是Omar Abdel Rahman（“盲人导师”）。正是他的宣教鼓动了对萨达特的刺杀。80年代，他在埃及监狱进进出出后，Abdel Rahman在美国获得了难民身份。从他的总部Jersey City，他散布消息，号召对那些非信仰者进行谋杀。
本拉登圈子里最重要的埃及人是一位外科医生，Ayman al Zawahiri。他领导着埃及伊斯兰圣战很重要的一部分。很多他的追随者成为新组织的重要成员，而他本人和本拉登的密切关系使很多人认为他是基地的二号人物。事实上，当他们若干年后合并组织的时候，他是可以成为本拉登的副手的。
1989年秋，本拉登在伊斯兰极端分子中已经有了足够的地位，一位苏丹政治领袖，Hassan al Turabi要求他将整个组织迁移到苏丹去。Turabi领导者全国伊斯兰前线组织，并与最近在喀土穆获得政权的组织有同盟。本拉登同意帮助Turabi，在苏丹南部与非洲基督教分裂主义者进行持续的战争，并进行一些道路的建设。作为回报，Turabi允许本拉登将苏丹作为其全球业务运作的基地以准备进行圣战。本拉登的代理于1990年开始在苏丹购置地产，而他本人从阿富汗回到了沙特阿拉伯。
1990年8月，伊拉克入侵了科威特。本拉登基于他在阿富汗的努力而赢得的名望和尊重，向沙特君主提议由他招集圣战斗士，发动圣战，重新夺回科威特。他被断然拒绝了，沙特加入了美国为首的联军。随后沙特同意允许美国军队驻扎在王国内，本拉登和部分伊斯兰神职人员开始公开谴责这样的安排。沙特政府驱逐了这些神职人员，并且没收了本拉登的护照，作为封他口的众多措施之一。在一位持不同政见的皇室成员的帮助下，1991年4月，他以参加在巴基斯坦召开的伊斯兰聚会为借口，成功的离开了沙特。到1994年，沙特冻结了他的财产，取消了他的公民身份。他不再有一个国家，可以称为“自己的国家”了。
本拉登1991年来到了苏丹，并建立起一系列巨大而复杂的、互相交织的生意和恐怖分子企业。随着时间的推移，前者将包含众多的公司，以及一个由银行账号和非政府机构形成的全球网络。为了兑现他对Turabi的承诺，本拉登用他的建筑公司从喀土穆到红海岸的苏丹港建立了一条新的高速公路。同时，基地的财务官员和高层职员利用他们在本拉登业务中的地位购入武器、炸药和技术装备，用于恐怖主义目的。其中一位创始人员，Abu Hajer al Iraqi利用他在的本拉登投资公司中的负责人的地位，从西欧到远东，开展其采购之旅。另外两个，Wadi al Hage和Mubarak Douri，20世纪80年代后期已经很熟悉亚利桑那州Tucson市了。他们的足迹远至中国、马来西亚、菲律宾、前苏联共和国乌克兰和白俄罗斯。
本拉登的办公室组合令人印象深刻，他们为恐怖主义行动秘密提供财务和其他帮助。这一网络包括在塞浦路斯的一个大型商业企业；萨格勒布的一个“服务”部门；萨拉热窝的一个国际慈善机构办公室，支持着波斯尼亚穆斯林与塞尔维亚、克罗地亚的冲突；阿塞拜疆的巴库的一个NGO，埃及伊斯兰圣战组织用它作为其财务的来源和渠道，同时也是一个支持中心，用来支持车臣的穆斯林反叛。他还利用已经建立的总部位于维也纳的第三世界安慰组织（TWRA），后者在萨格勒布和布达佩斯有分支机构。（本拉登后来在内罗毕建立了一个NGO，为那里的行动人员提供掩护。）
本拉登如今有了一个愿景，要成为国际圣战同盟的领袖。在苏丹，他建立了一个“伊斯兰军方顾问会”，作为他正努力锻造联盟的一个恐怖组织集团的协调组织。它的组成包括他自己的基地顾问会，还有当时还互相独立的恐怖组织的领袖或代表。为了建立这个伊斯兰军事武装，他招募了来自沙特阿拉伯、埃及、约旦、黎巴嫩、伊拉克、阿曼、阿尔及利亚、利比亚、突尼斯、摩洛哥、索马里以及厄立特里亚的团队。基地组织同时于这些国家的其他极端团体建立了合作但不那么正式的关系；建立关系的还有非洲国家乍得、马里、尼日尔、尼日利亚和乌干达；东南亚国家缅甸、泰国马来西亚和印尼。本拉登在波斯尼亚冲突中也保持了联系。一个真正的全球恐怖分子网络的基础正在搭建。
本拉登还给菲律宾的摩洛伊斯兰解放阵线，以及另一个新近建立的菲律宾组织“Abu Sayyaf旅”提供设备和培训方面的帮助，后者的起名是为了纪念一位重要的阿富汗圣战领导人。基地帮助回教祈祷团（Jemaah Islamiya，JI），后者是一个初创的组织，由印尼伊斯兰教徒领导，其成员分布在马来西亚、新加坡、印尼和菲律宾。它还帮助一个巴基斯坦组织，后者与喀什米尔暴乱分子袭击有关联。1991年年中，本拉登派出一队支持者来到阿富汗北部边境去帮助塔吉克斯坦伊斯兰教徒，参与那里的种族冲突，而这一冲突甚至在这些中亚国家从苏维埃联盟独立出去之前，在当地就已经非常剧烈。
通过建立同盟得到扩张的模式也推广到了美国。一个叫做al Khifa的穆斯林组织在美国有很多分支机构，最大的是布鲁克林的Farouq清真寺。20世纪80年代中期，它已经成为Azzam和本拉登的MAK组织的首批前哨之一。al Khifa有分支机构的其它城市有亚特兰大、波士顿、芝加哥、匹兹堡和图森市。Al Khifa招募美国的穆斯林来和阿富汗作战：其中某些人将参与20世纪90年代早期在美国的恐怖主义行动，以及基地在别处的行动——包括1998年在东非地区对美国领事馆的袭击。