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1993年2月26日中午12点18分，世贸中心双塔地下层，一枚巨大的炸弹爆炸了。这不是一次自杀式袭击。恐怖分子将带有定时装置的汽车炸弹停放在地下车库的B-2层，然后离开。随后的爆炸向上炸出了一个七层楼高的洞。6人死亡，超过1000多人受伤。一位现场的FBI探员认为伤亡人数相对而言这么少，简直是个奇迹。
克林顿总统命令国家安全委员会协调应对。政府部门立刻展开行动寻找罪犯。CIA中的反恐中心对文件进行了梳理，并询问了全球的情报来源。国家安全局（National Security Agency，NSA），庞大的国防部信号收集机构开动其通讯拦截网络，并在其数据库中寻找线索。FBI的纽约地方办事处控制了当地的调查并最终建立了一个模式以管理将来可能出现的恐怖主义事件。
这一事件中有四个特征对日后的911事件有着重要的影响。
首先，爆炸事件标记着一个新的恐怖主义挑战，而且其愤怒和仇恨是无休止的。Ramzi Yousef是安放炸弹的逊尼派极端分子，他后来说他本希望炸弹能杀死25万人。
其次，FBI和司法部对爆炸事件进行了优秀的调查工作。几天之内，FBI确认了一个卡车的残余物来自位于Jersey City的Ryder租车公司。该车在爆炸前一天报告被盗。
Mohammed Salameh是租车人，同时也是他报告车辆被盗的。他打电话给租车处要求退还他的400美元押金。FBI于1993年3月4日逮捕了他。很快，FBI拘留了若干个策划者，其中包括Nidal Ayyad，他是采购炸弹所需化学品的工程师，还有Mahmoud Abouhalima，他帮助进行化学品的混合。
FBI还确认了另一个共谋分子Ahmad Ajaj。他于1992年9月在JFK国际机场被移民局逮捕，罪名是伪造文件。与他同行的是Ramzi Yousef，他也是持伪造的文件入境，但是他随即寻求政治避难并获准进入。很快就搞清Yousef在袭击中担当了中心的角色。爆炸之后他立刻逃往了巴基斯坦，逍遥法外达两年之久。
Salameh、Abouhalima和Ayyad的被捕将FBI引向了布鲁克林的Farouq清真寺。其中心人物是导师Omar Abdel Rahman，一位逊尼派穆斯林神职人员，一位极端分子，1990年从埃及来到美国。Rahman是盲人，通常被称为“盲人导师”。在他的演讲和写作中，他反复鼓吹Sayyid Qutb在//里程碑//中的说辞，将美国视作全世界穆斯林的压迫者，并声称和上帝的敌人进行战斗是他们的宗教责任。一个FBI的线人得悉了爆炸纽约市主要地标的计划（其中包括Holland和Lincoln隧道）。FBI破坏了这一“地标计划”，并于1993年6月逮捕了Rahman和众多同伙。
这些调查和逮捕的结果是，纽约南区美国检察官起诉了多名个人，并判其有罪。这些人包括Ajaj，Salameh，Ayyad，Abouhalima，盲人导师，Ramzi Yousef。罪名是和世贸中心的爆炸以及其他计划有关。
这一超级调查和起诉成果的一个不幸的后果是制造了一种印象，即，执法部门的系统运行完善，可以应对恐怖主义。包括克林顿总统，他的主要顾问，国会，以及新闻媒体都没有立刻意识到要提出这样一个问题：将盲人导师、Ramzi Yousef投进监狱铁窗之后的这些措施是否真能保护美国人民，不受这些新型病毒的打击——因为这些个人只是初期症状而已。稍后他们才意识到了。
第三，处理第一次世贸中心爆炸的法律系统有一个副作用。它掩盖了对美国正面对的新的威胁进行特性和范围分析的必要性。审判并未将本拉登的网络带入公众和政策制订者的注意范围。
FBI收集了，而美国检察官办公室列出了一些证据，表明被告席上的人不是策划者的全部。Ajaj的证词表明，这些策划发源于Khaldan营地，这是一个阿富汗-巴基斯坦边境上的恐怖分子训练营。Ajaj于1992年离开德克萨斯到那里学习如何建造炸弹。他在巴基斯坦见到了Ramzi Yousef，他们讨论了美国境内的爆炸目标，并构造了一个“恐怖分子工具箱”，其中包括制造炸弹的手册，行动指南，鼓吹针对美国进行恐怖主义行动的录像带，以及伪造的身份文件。
1995年1月，菲律宾警方破获了马尼拉空中计划，该计划的设想是在多架跨太平洋的航班上放置炸弹，然后同时引爆。警方逮捕了Yousef。Khalid Sheikh Mohammed是Yousef的叔叔，当时还在卡塔尔。他是Yousef马尼拉空中计划的协同策划者，并在世贸中心爆炸之前向Yousef汇去了一些钱。美方检察官在1996年1月获得了对KSM的起诉状，但是卡塔尔政府内一个官员可能向他发出了警告。KSM逃脱了被逮捕（并逍遥法外，同时在911袭击中扮演了中心角色）。
执法部门的流程关注于证明被逮捕和被指控的人确实有罪。调查人员和起诉人员无法提供除了那些被指控的人之外的人可能参与的所有证据，尽管他们持续着这样的调查，计划或者希望在日后的起诉中能提供。这些流程其本质是向公众表明事情结束了——案件审结，正义声张。它不是被设计成来质问这些事件是不是更糟糕的事件的先兆。也不是用来归总、分析这些事实，从而判断能否更广泛的提供关于恐怖分子战术——入境手段，财务，在美国境内的运行模式等——的线索。
第四，尽管爆炸提升了对新型恐怖主义危险的知晓度，但是起诉的成功导致大范围内对威胁的低估。政府的检察官强调罪行的严重性，列出证据表明Yousef在技术上的精巧。但是公众的印象不是聪明的Yousef，而是愚蠢的Salameh——他一次次的要求退还他支付的400美金卡车租车押金。