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FAA隶属于交通部，国会授予它的任务有时看起来自相矛盾：它既要管理美国民航的安全和保安，也要促进民航工业。FAA有一个保安使命，保护商务空中交通用户免受恐怖主义的袭击和其他罪行的发生。911之前，FAA认为对航空飞行而言，破坏比劫机更具威胁。首先，过去十年国内都没有出现过劫机事件。其次，商务飞行系统被认为更易受到爆炸物的伤害（相比火器之类的武器而言）。最后，爆炸被认为更致命，因此后果也更严重。1996年，副总统Al Gore领导的一个航空安全及保安总统委员会再次强调，对飞机的破坏和爆炸的关注占有决定地位。Gore委员会还将使用地对空导弹进行袭击作为一种新的威胁而提出。1997年的最终报告中，并未讨论自杀劫机的可能性。
FAA设立了航空保安规则并加以实施，并要求航空公司和机场加以施行。这些规则试图建立一个“分层”的防卫系统。这意味着某个保安层次的失效将不是致命的，因为额外的层次会提供后备的安全性。但是在911之前，每个和劫机关联的层次——情报、旅客预过滤、检查点过滤、机上安全——都有着严重的缺陷。这些加在一起，就没能阻止任何一名911的劫机犯在三个不同的机场，登上四架不同的航班。
FAA的政策是根据情报来发现特定的阴谋以及对民航安全的一般威胁，因此部门可以制定并实施合适的对应措施。FAA的情报部门有40人，它应该从FBI、CIA和其他部门收到广泛的情报数据，从而它能做出针对民航的威胁的判断。但是，这么巨量的数据中却很少有与美国境内恐怖分子的所在和行动相关的信息。例如，1998年FBI尝试评价恐怖分子进行飞行训练的可能的信息、2001年菲尼克斯的电子通信中警告说中东极端分子参加了飞行学校的信息都没有传达给FAA总部。一些FAA最高层情报官员认为对国内威胁的了解是一个很严重的盲区。
另外，FAA的情报部门也很少受到来自领导部门的关注。无论是Jane Garvey局长还是她的代理都未曾例行公事地浏览每日情报，他们看到的是已经过滤过的信息。她不知道来自她自己的情报部门就有大量劫机威胁的信息，从而也没有深入参与部门的政策制定过程。根据历史经验，只有发生了灾难，或者发现了一个特定的阴谋时，才会采取果断的保安措施。
下一个保安层次是旅客预过滤。FAA指示航空公司不能搭载已知会对民航产生“直接”威胁的个人。但是在911时，FAA“禁飞”列表中只有12个可疑的恐怖分子（包括911的策划者Khalid Sheikh Mohammed），而政府的监控列表中却有上千个已知或可疑的恐怖分子的名字。这一不匹配的存在很令人诧异，因为四年前Gore委员会已经要求FBI和CIA提供恐怖分子监控列表以改善预过滤过程。FAA民航安全部门长官在该职位上就职多年，他作证说，直到2004年1月26日，本委员会的公开听证会上，他才第一次听到提及国务院的TIPOFF列表（之前根本不知道有这个列表），而且其中列出了已知和可疑的恐怖分子（911前这个表中大概有6万个左右）。FAA可以获取部分TIPOFF数据，但是显然觉得它用起来很不方便。
要求航空公司实施的预过滤中的第二部分是一个FAA批准的计算机算法（称为CAPPS，Computer Assisted Passenger Prescreening System，计算机辅助旅客预过滤系统）。它可以用来标识那些其概况表明其对飞机会造成超过最小风险的后果的那些乘客。尽管算法中包含劫机者概况的数据，当时只有旅客的托运行李可以被CAPPS选中并进行额外的仔细检查。同时，该“选中”限定了只能将某人的托运行李进行爆炸物检查，或者知道确认该人登机后才可以起飞。由于主要考虑到可能出现歧视和对旅客流量的影响，不再对“被选者”的随身行李进行特别的扫描，1997年CAPPS系统实施之前这一扫描是必须的。这一政策的改变也反映出，当时的观念认为非自杀性的破坏才是民航最首要的威胁。
检查点的过滤被认为是最重要也是明显的保安层。金属探测门和X光机器由训练有素的员工操作，来阻止违禁物品。大量的政府报告指出检查点的表现糟糕，甚至经常不能探出很明显的FAA测试用物体。很多致命的和危险物没有触发金属探测器，或者很难在X光机器中和日常用品区分开。
虽然FAA的规则没有明确禁止携带长度小于4英寸的带锋的小刀，航空公司检查点处的指导手册（该手册和FAA联合制定）明确可以携带。FAA这一政策的出发点在于，首先，部门认为这样的物体没有威胁；其次，大多数当地法律没有禁止个人携带这样的刀具；第三，这种刀很难被探出，除非大大提高金属探测器的灵敏度。1993年曾有建议完全禁止刀具，但是被否决了，因为小型切割用具很难被探测，而且会大大增加无辜“警报”的数量，从而加剧检查点处的堵塞问题。
911之前的几年，FAA要求检查员们在检查点进行“持续”和“随机”手工检查随身行李的要求被爆炸物痕迹检测替代，或者说被航空公司彻底忽略了。因此，对个人和随身行李进行武器（不是炸弹）的二次检查不再存在，除非旅客触发了金属探测门。即使在二次检查时发现了小刀，通常也会还给旅行者。据说，911的劫机者受过指导，使用那些不会被机场检查点检测出来的物品。
911之前的保安系统中，航空公司扮演着重要角色。正如交通部监察总长告诉我们的，巨大的压力来自航空公司，要求控制保安开支，“限制保安需求对民航运作的影响，因而产业可以集中在其（运送乘客和飞机的）主要任务之上……这些反压力自身反过来宣告了保安系统中的重大缺陷。”一位长期担任FAA安全官员的人描述航空公司对保安规定的处理是“诋毁，质疑，拖延”，并且说尽管“航空公司受到启发，关注安全对自己有好处，但是他们并不是在保安范畴意识到的。”
最后一层是商务航班的机上保安措施，但它的设计不是用来对付自杀式劫机的。FAA批准的“常规战略”形成于自20世纪60年代数十年以来和大量劫机案件打交道时得到的经历。它告诉机组人员，同劫机者打交道的最好方法是满足他们的要求，使飞机安全降落，然后让执法机构或者军队来处理情况。根据FAA的记录，劫机事件拖的越长，最后和平解决的可能性就越大。这一战略基于这样的基本假定：劫机者会提出可讨价还价的要求（最常见的是政治避难，或者要求释放犯人）。而且，正如一位FAA官员说道，“游戏计划中没有自杀这条”。而一旦发生暴力事件，FAA培训资料并未给予机组人员如何处理的指导。
这一占据主导地位的常规战略要求的合作、不抵抗意味着即使驾驶舱门得到加固，对劫机者而言也没有什么区别。2001年早期有一个建议，在商业航班的飞机上安装加固的驾驶舱门。正如航空公司飞行员协会（Air Line Pilots Association，ALPA）安全委员会主席提到的，“即使你在门外安上金库的门，如果他们在我的机组人员的脖子上套上一条绳索，我也会把门打开的。”911之前，FAA规定要求驾驶舱门能随时开启，以便在紧急情况下能进出驾驶舱。即使如此，60年代开始执行的规则要求机组人员在飞行过程中保持舱门关闭。这一要求并不总是被遵守，或者得到积极的执行。
至于执法方面，911时只有33个佩戴武器并受训的联邦空警。他们并不在美国国内航班上执勤，除非是在转机过程中提供国际出发的保安工作。这一政策反映了FAA的观点，即劫机已经被制止了。他们对这一观点自信满满，因为自从1986年以来，在世界上任何地方，没有任何一架美国的商业航班被任何恐怖分子劫持。
既然近期没有任何航空保安事故，也没有“特定和可信”的证据揭露针对民航的阴谋，FAA的领导层将重点放到了别处，例如运行方面的顾虑，以及越来越现实的安全问题。FAA长官Garvey回忆说“2001年的每一天都象是感恩节的前一天”。国会注意到提升空中服务的呼声，它将其努力集中在“旅客权利清单”，在航空系统中增加容量、效率和客户满意度。对恐怖主义没有任何关注。