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1947年国家保安法创建了中央情报局局长（DCI，Director of Central Intelligence）这一职位。DCI独立于国防部、国务院、司法部以及其它政策机构，它领导着美国的情报机构，向联邦机构提供情报。
情报机构中唯一独立于内阁机构的元素是CIA。作为一个独立机构，它收集、分析并散发来自各个地方的情报。CIA的头号客户是美国总统，后者同时有权指令CIA进行秘密行动。尽管秘密行动只占部门整个预算的一小部分，这些行动不时被人议论，而且随着时间的推移，成为公众对CIA的主流印象。
DCI人选由参议院确定，但从技术上说，不是总统内阁的成员之一。联邦法律下授予局长驾驭松散而又同盟的“情报团体”的权力是有限的。他或她陈述团体的优先级，协调情报部门预算需求的建立，并递交国会。
这一责任给很多人带来了错误的印象，认为DCI对这些部门的领导有直接领导权，并有权在必要时调配预算中的资源。这些看法都是不对的。事实上，DCI实际上有多大权限与他和总统的私人关系（若干年来或紧密或疏远）以及与政府中其它人（特别是国防部长）的关系直接相关。
国防部下属的情报部门占到美国用于情报方面的支出的将近80%，其中有些是以全国范围作为其服务对象，有些只以国防部或军事需要作为服务对象。由于它们都在国防部，这些部门对军事方面的战略和战术要求总是特别的关注。
国防部中以全国范围作为服务对象的情报部门之一是国家安全局（National Security Agency，NSA），负责截获并分析国外的通信并进行解码。NSA也创造代码和密码来保护政府的信息。另一个部门最近改名为国家地理空间情报局（National Geospatial-Intelligence Agency，NGA），它提供并分析图像，制造出一系列产品，包括地图、导航工具以及监视情报。国防部中这样的第三个部门是国家侦察局（National Reconnaissance Office）。它负责开发、采购、发射侦察卫星并维护其运行，为其他政府部门服务。
国防情报部（Defense Intelligence Agency，DIA）支持的对象有国防部长，参谋长联席会议以及现场军事指挥官。它既通过人员收集情报，也通过技术手段。陆军、海军、空军和海军陆战队都有自己的情报单元来收集信息，帮助他们确定购买什么武器，并为各自的任务的需要提供战术情报。
除了这些来自国防部的部门外，情报部门中的其他元素来自FBI中的国家安全部门；国务院中的情报研究局；财政部中的情报单元；能源部的情报和反情报局，前者借助其国家实验室系统的经验，在核武器方面有着特别的能力；海岸警卫队的情报处；以及，如今的美国国土安全部中的情报分析及基础设施防护理事会。
NSA所截获的恐怖分子通讯通常在会引发其它政府部门的警报。一般而言，它所截获的情报也是分析人员手上的拼图中决定性的一块。NSA工程师建立技术系统来破译密码，使得如今繁复的信号环境变得有含义。分析人员聆听着和他们无关的陌生人间的对话。他们还进行“交通分析”，研究专门的通讯系统和代码，以及外国组织的结构，包括恐怖分子组织的结构。
冷战时期的对手使用非常层次化的、熟悉的、可预知的军事命令和控制方法。随着全球化和通讯革命，以及虽然关联松散但网络化的对手开始使用商用设备和加密方法，信号收集的技术障碍呈几何级数增长。同时，冷战的结束以及作为其结果的国家安全资金被削减，逼迫情报部门削减系统，并考虑其规模的经济化。现代的对手都熟练掌握了通讯技术。NSA的挑战和机会在“数量、变化和速度”方面以指数级数增长。
法律规定，在得到基于国外情报要求的授权之前，NSA不能蓄意收集美国公民或者美国境内人员的数据。另外，NSA应该让FBI知晓任何罪行、间谍活动或者“恐怖主义企业”的迹象以便FBI得到恰当的授权。稍后我们将看到尽管NSA拥有技术能力报告中东地区怀疑为恐怖分子设施的通讯，它并未寻求FISA法庭的授权去收集美国境内和外国间个人的通讯，因为它认为这是FBI的任务。它也不想被看成针对美国境内的人，从而有可能违背了控制NSA进行国外情报收集的法律。
NSA对其来源和方法近乎强迫性的保护，对国外情报的关注，以及对任何国内情报的回避，将是911故事中重要的元素。我们就会看到了。
20世纪那些伟大而成功的故事之一就是在美国战斗机执行任务以及国家安全决策者进行决策时，使用了新开发的科学技术。这不是偶然发生的。多年以前，负责而勤勉的行政和立法部门的领导人们开发、授权了高端科技，并为此买单。近期的战争中，正是因为那些勇敢的男男女女使用了这些高端的科技，战争才能进行并获得决定性的胜利。
但是，来自科技的挑战令人沮丧：它代价高昂，可能失败，解决问题的同时常常带来新的问题。某些高端技术使得我们在冷战期间可以看到前苏联隐蔽的非常好的区域内的详情，但是用来标识和跟踪个别恐怖分子却没有什么大的作用。
反过来，恐怖分子从同一个通讯技术的迅猛发展中得益匪浅。他们只要简单的在年产值3万亿的通讯工业市场上进行采购和收获产品就可以了。他们获得通讯设备不用花大钱，而这些设备品种繁多，全球交易，交货迅速，而且复杂高端，还有加密手段。
互联网的出现使得恐怖分子能更容易的获取信息，对行动发布命令、进行控制。911阴谋的行动领导Mohamed Atta在德国汉堡上网搜索美国飞行培训学校的信息。情报收集针对的目标越来越狡猾。这些改变使得监视和威胁警告越来越困难。
尽管技术带来了问题，美国人对技术还是情有独钟，并将技术作为解决方案。但是技术要能发挥最大的效果，需要一个组织有指导、有架构、有开发的动机。例如，如果情报机构的个人或其安全系统鼓励保护情报而不是分发情报，那么最好的信息科技业无法改善信息共享的过程。
CIA的前身是战略服务办公室（Office of Strategic Services，OSS）。罗斯福总统在二战早期创立了这一机构，开始他认为FBI可以担当这个角色。OSS之父是William J. “野蛮的比尔” Donovan，一位华尔街的律师。他招进OSS的男男女女们和他相似：履历丰富、交际广泛、专业敬业。
Donovan的一个创新至今还是美国情报部门的宝贵资产，那就是他创立了研究与分析部门。在那里，全美国大学的大量学者们专注于研究来自间谍的报告、军队截获的通讯、电台广播的脚本、各种各样的出版物，并准备报告分析在国外运作舞台上的经济、政治、社会条件。
令Donovan失望的是，随着二战的结束，杜鲁门总统解散了OSS。四个月后，总统下令“所有联邦的国外情报活动应加以计划、开展和协调，从而保证与国家安全相关的情报任务能最有效的执行”。计划、开展和协调由国家情报局负责。后者的成员有国务卿、陆军大臣和海军大臣，以及总统指派的一名私人代表。该实体由中央情报组支持，成员从各个成员的部门中选派，并由中央情报局长（Director of Central Intelligence，DCI）领导。
接着，杜鲁门总统批准了1947国家安全法案，并根据该法案和其他相关文件成立了中央情报局（Central Intelligence Agency，CIA），并由DCI领导。在FBI的游说之下，同时也担心这样做会创造出一个美国的盖世太保，FBI被委任进行内部安全工作和反间谍。CIA被特别限制为“没有警察、不能传讯、没有执法权或内部安全功能”。这一结构在CIA和国防部的情报机构间、CIA和FBI之间制造了紧张。
秘密的和隐蔽的行动。在这一历史背景下，CIA为911事件带来了很多精英组织的特性，并将自身定位在与美国的敌人战斗在最前线的人。秘密行动组属于行动总部（Direcotorate of Operations），其成员遍布各个国外基地。每个基地的负责人都是组织中非常重要的人物，各自有一个额外的头衔：DCI在该国的代表。他（有时是她）授命于行动指令，其中列出了总部相关区域分部指定的行动的优先级，也受到总部确定的资源分配的限制。
间谍工作是一个高危行业，确定秘密行动的目标、招募、处理以及终止一个秘密来源，收集到的信息的散发都需要华盛顿的批准和行动。但是在这样一个分权的系统中——在某种程度上和美国境内FBI地方办事处的情形有些类似——行动总部的每个人都认为总部的工作是向每个地方办事处提供支持，而不是进行管理。
60年代，CIA试图在猪湾登陆古巴流亡分子的笨拙行动被曝光。越战又引发了更多的责难。水门事件中最卓越的一幕是由参议员Frank Church和众议员Otis Pike领导的调查小组对CIA进行的调查。有证据表明CIA秘密计划刺杀卡斯特罗和其他外国元首。总统对这些没有负任何责任。CIA官员们承担了大部分的责难，并指出，他们这么做是为了使得总统拥有“表面上的否认”（plausible deniability）。
水门事件后，国会成立了一个监察委员会以确保CIA不会采取违背基本美国法律的的秘密行动。这些法律（例如Hughes-Ryan修正案）要求任何秘密行动必须得到总统的批准并向国会报告。CIA秘密行动组的办案人员对这些法律的理解是，这就是向他们给出了一个信息，秘密行动通常会招来麻烦，并有可能重创某人的职业生涯。80年代中期围绕着中美地区的秘密行动的矛盾导致秘密行动组若干高级官员被起诉的后果。90年代，冲突也时有发生，如在针对基地的行动中，决策者希望CIA进行更侵略性的秘密行动，而CIA的领导则小心翼翼，步步为营，并一定要确保其行动的法律基础、总统授权清清楚楚、明明白白。
秘密行动组也感受到了冷战后和平带来的影响，于1992年开始裁员。随着官员人数的减少以及海外办事处数量的削减，DCI和他的管理人员对日益升级的巴尔干或者非洲地区冲突的解决方法是“潮涌”，也就是说将整个部门里的人员调用去解决当前的问题。很多情况下，调过去的官员对其面对的新事务所知寥寥。于是这个世界上的某个地方以及某些情报收集对象没有得到全面的覆盖，或者甚至根本就没有覆盖到，也是不可避免的了。这一战略也着重在与外国联络处的紧密关系上，因为需要后者的帮助来获取美国政府没有能力得到的那些信息。
1995年，秘密行动组迎来了其最低潮。只有25名受训人员成为正式官员。1998年，DCI成功说服政府和国会通过一项长期的重建计划。需要经过7年的训练、语言学习和经验才能将一名招募进来的人员培养为一名全面合格的官员。
分析。CIA的情报总部还保留着它最初的角色的一部分：一个参战的大学。其工作人员倾向于根据其出版物（在这一环境中，指的是秘密出版物）的数量和质量来衡量一个人的水平。除了同事，他们还向决策者们寻求批准和指导。从90年代到今天，如果其稿件能包含在某份秘密“日报”——高级官员情报摘要（Senior Executive Intelligence Brief，SEIB）——中，那是会有着特别的价值的；当然，如果能被选中包含在总统每日简报（President's Daily Brief，PDB）中，那就更好了。
CIA的建立是为了冷战。年复一年的专注于一到两个主要对手至少有一个正面的效果：它创造了一个环境，管理者和分析人员可以安全的花费时间和资源进行基本的研究，而且面面俱到，深思熟虑。这些并不是马上就有回报的。但是在撰写其评估的时候，即使是在简报中，他们可以借鉴一个深入的知识库。
冷战结束后，那些投入无法轻易的转向新的敌人。其文化影响甚至更深。国际形势越来越不确定，目标和兴趣点不定且易变，情报人员不再觉得他们可以承担这样一个耐心而战略的手段，长期占用情报资金。大学文化是书、文章，现在却要让位给编辑部文化了。
整个90年代，24小时新闻播报和互联网的兴起加重了分析人员的压力，他们必须以更快的速度向决策者们传递新鲜的报告，在他们的客户从媒体看到的东西上试图增加背景资料和补充材料。所有资源和战略分析方面的缺陷被着重指出。1998年，David Jeremiah上将领导的小组指责情报部门在预见印度和巴基斯坦核试验上的失败；1999年Donald Rumsfeld领导的小组讨论了情报部门在分析弹道导弹对美国的威胁上能力有限的情形。两份报告都指出要注意这些方面：太多的优先级而导致行动分散，对战略分析艺术拒绝关注，安全守则阻挡了共享足够的信息。冷战的另一个艺术是一套精巧的方法对意外打击进行警告。但是这一方法在分析诸如恐怖主义的新型威胁过程中也消失了。
安全。可能影响CIA处理新型恐怖主义能力的另一套经验要追溯到冷战早期。局里有一种担心——甚至接近偏执——苏联的克格勃会渗透进来。James Jesus Angleton一直担任CIA反情报部门的头直到70年代早期，他固执的认为局里潜伏着一个或几个苏联的“鼹鼠”。虽然Angleton被强制退休后，这一倾向有所改变，但是并不彻底。而现实中苏联渗透的案例使得恐惧程度一直高居不下。之后，到了90年代早期，发生了Aldrich Ames间谍案，CIA颜面尽失，无比尴尬。尽管听起来难以置信，Ames受到同事官员的保护并得以晋升的同时，却在向苏联出卖美国人员和特工的姓名并以此支付他的账单，其中有些人因此而被杀。
对安全的顾虑使得信息共享大大的复杂化了。信息被隔离以防止被暴露给技术高明的对手。因此才有了那么多处理信息的限制，以及对用新型电子系统（如email）向政府其它部门发送信息的深度不信任。
对安全的担心还造成招募那些合格的人员进行反恐的困难。很少有美国大学提供中东语言或者关于伊斯兰的课程。2002年美国所有大学、学院授予的阿拉伯语学士学位的数量只有区区六个。那些在美国之外旅行过很多地方的人需要等到很长时间才能得到初步的许可。至于那些生在外国的，又或者在国外有很多亲戚的人，都被告知最好还是不要去申请。随着冷战结束后CIA预算的削减，除了少数例外，我们也就不奇怪的发现，秘密行动组新招进的人的素质和那些现役人员一样，也就是说，他们适合传统的特工招募，或者和国外机构开展联络关系，但是不能去寻找或使用恐怖分子网络中的资源。
在20世纪70和80年代，恐怖主义和地区冲突捆绑在一起，主要在中东。恐怖组织的大多数要么由政府支持，要么就是那些准备创建政府的军人（如巴解组织）。
80年代中期，基于副总统乔治·布什领导的任务小组的一份报告，以及在罗马、雅典机场的恐怖袭击之后，DCI创立了一个反恐中心来统一行动总部和情报总部的行动。反恐中心中有来自FBI和其他部门的代表。在正式的组织结构表中，它向DCI汇报，但事实上中心的大部分长官属于秘密行动组，而且通常接受行动总部长官的指示。
中心鼓励并协调CIA站点的情报搜集，将结果加以整理，并将报告有选择的传递给适当的站点、信息总部的分析员、情报机构中的其它部门或者决策者。中心保持着它的官僚风格。DCI曾经有一次派遣一位国家反恐情报官员去协调分析；那个办公室在80年代晚期被废止，其职责的一部分由反恐中心承担。尽管中心所进行的分析产生了大量的文件，其焦点是为行动提供支持。一位CIA探长在1994年的报告中对中心提供恐怖主义袭击警告的能力提出了批评。
在接下来的章节中，我们将提出这样一个问题：尽管投入了巨大的人力、精力和努力，情报组织是否还是没能做的足够好，以应对来自本拉登和基地组织的挑战？当面对这样的问题时，情报组织的管理者们通常会回应说，他们的资源实在是捉襟见肘，无法开展工作。
冷战后国家安全支出的削减导致了如下结果：1990到1996财年全国境外情报计划的预算被削减，1996到2000年预算基本持平（除了1999财年所谓Gingrich补充案，和稍后的两个更小的补充案）。这些削减使得情报部门的困境加剧。决策者们要求他们进入数字化的未来去对抗电脑-电脑间的通讯和现代通讯系统，同时也要维持对付老系统——如高频无线电、甚高频乃至超高频（可见光谱）（类似电视天线那样操作）的能力。另外，对图像的要求在1991年海湾战争后急剧增长。这些发展转而要求计划下一代的卫星系统的额外资金，而其费用对其他情报预算增加了巨大的压力。其结果就是，情报部门经历了裁员过程，影响到了行动人员和分析人员。
不过，至少对于CIA而言，处理恐怖主义的负担部分来自我们已经描述过的背景：这是一个可以吸引有着超常热情的人才的地方，但是在本质上害怕任何风险。随着其进行秘密行动的能力的萎缩，和限制信息传播的倾向，很难吸收新类型的人员，习惯于就最新的情报提供描述性的报告。换句话说，CIA需要重大改变才能在反恐方面取得最大的效果。1997年克林顿总统任命Tenet为DCI，所有证据都表明恐怖主义是他的优先级。但是在被委员会询问时，Tenet自己的判断是在2004年，CIA的秘密行动组还需要至少五年才能准备就绪来扮演其对抗恐怖主义的角色。而且，尽管Tenet毫无疑问的是CIA的领导人，整个情报组织的同盟性质的结构使得到底谁负责整个美国的情报工作的问题还是没有答案。