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2004年，本委员会询问了副国务卿Richard Armitage这样一个问题：为什么国务院一直尝试看起来——最后也被事实证明——毫无希望的努力，试图说服阿富汗的塔利班政府驱逐本拉登？Armitage回答说：“我们做国务院应做的事情，我们不会跑出去派一架轰炸机，我们不会做那样的事情……在这些事情中我们做//我们的//那部分。”
要是在50年前，坐在Armitage位置上的那位可不会把国务院的角色说的这么有限。直到50年代后期，在向总统和国会就美国和世界其他国家的关系进行建议的过程中，该部门还是占据着主导地位。NSC成立于1947年，其成立很大程度上是因为五角大楼的游说要求建立一个平台，在这个平台上，军方如果觉得国务院设置了国家级别的目标，而美国没有必要的资金去实施的话，军方可以提出反对意见。
直到60年代国务院还是第一位的，但是肯尼迪和约翰逊政府转向了Robert McNamara的国防部，并在其中设立了一个迷你国务院用来分析外国政策事务。然后，尼克松总统将其政策规划和政策协调集中在一位强有力的NSC官员身上，并由基辛格监督。
稍后几年中，作为个体的国务卿还是重要人物，但是部门的角色不断削弱。到了90年代，国务院与其他部门争夺资源失败，国会或者总统行政管理及预算局（OMB）对它的预算也没有什么支持。
和FBI以及CIA的行动总部一样，国务院的传统是着重地方的行动而不是华盛顿的。但是，即使是大使也经常发现东道国政府不光通过他们在华盛顿的代表和美国政府进行联络，也还通过CIA办事处或者武官。随之而来的，大使馆被那些向五角大楼汇报的、强有力的区域长官的光芒遮盖了。
在60和70年代，国务院掌管着反恐政策。它是与被认为与恐怖分子有瓜葛的政府进行沟通的官方渠道。另外，这段时间针对恐怖分子的指控多以谈判告终，因而大使或者使馆人员也顺理成章的成为美国利益的代表人物。
保持针对恐怖主义的外交努力的连贯性是一个持续的挑战。1976年，在国会的指导下，国务院将其反恐协调员提升到相当于副国务卿的级别。该官员作为“全权大使”，力图提高部门内反恐事务的可见性，并帮助整合在部门间美国政策的实施。1979到1981年间拖延很久的危机，即53名美国人被作为人质扣押在德黑兰的美国领事馆的事件，结束了国务院在反恐事务中的领导地位。卡特总统手下那位自信满满的国家安全顾问Zbigniew Brzezinski接过了指挥棒，从此协调功能就一直留在了白宫。
里根总统的第二位国务卿George Shultz主张美国采取主动的行为来对抗恐怖主义，通常会推荐使用军事力量。国防部长Caspar Weinberger不同意Shultz的主张。Shultz和Weinberger的争斗进展甚微，即使在他自己的部门中也如此。Shultz先是委派L. Paul Bremer，然后是Robert Oakley——两位都是驻外机关事务局中职高位显的使节——作为协调员，以此提高反恐协调的地位和可见性，即便如此，部门中占据主要地位的还是不把反恐作为第一要务的地方机关。
Shultz之后的国务卿对这个问题的个人兴趣相对较少。只是由于国会的反对，克林顿总统的第一任国务卿Warren Christopher才没有将反恐合并到一个原本是处理致幻毒品和犯罪的新部门去。国务卿奥尔布赖特手下的协调员对本委员会的说法是，他的工作在部门内被认为是无足轻重的。虽然他的地位的描述还有争议，而且奥尔布赖特强烈支持1998年8月对本拉登的打击，911之前国务院在反恐中扮演的角色通常是警戒性质的。这也是实际情况的反映，而实际情况就是反恐的优先级嵌入在和更全局的美国政府的外交政策目标中。
我们也不能忘记，国务院在世界各地的领事官员们持续面对着恐怖主义问题的挑战，因为他们要处理前往美国旅行的签证。当发现Abdel Rahman（盲人导师）几乎可以随意进出美国后，国务院对其监视名单和签证处理政策进行了重大改革。1993年，国会通过法律允许国务院为了加强边境安全而保留签证费。这些费用将由国务院用来将恐怖分子监视名单进行全自动化。90年代后期，国务院建立了全球范围内实时的签证、执法和监视名单信息的电子数据库，也是后911边境过滤系统的核心。不过，我们稍后会发现，该系统还是有很多漏洞的。
国防部是联邦机构中的庞然大物。它每年的预算比俄罗斯的GDP还要高，它是一个帝国。国防部有部分是民事的，部分是军事的。民事方面的国防部长拥有最终的控制，直属总统。在军事方面，最高长官是参谋长联席会议主席，支持他的是联合参谋部，后者划分为常规的军事人员部门：J2（情报），J3（行动）等等。
每个部门的任务不同，有必要也必须设定重点，而各个部门都历史悠久、自视甚高，陆军、海军、空军以及海军陆战队通常会为了战争中的角色和任务，预算以及领导的选派而争的不可开交。终止这一竞争的有两件事。
第一件，国会于1986年通过了Goldwater-Nichols法案。法案规定，除了其它的条件，要想晋升到更高的级别必须在另一个部门或者在联合（即多部门）指挥部服务一段时间。该规定有着强烈而立即的效果，迫使高级官员们不那么“忠于”他们原来各自的部门，而不得不在更广阔的范畴内思考作为一个整体的军事设立。然而，它也可能减弱了呈现给总统的军事建议和方案的多样性。Goldwater-Nichols的示例在某些人看来，有着教育意义，可以适用于联邦机构其他部门以减少竞争，增加合作，特别是在执法部门和情报部门间。
第二件相关的事件是，将规划和命令的职责从部门首脑和其属员处进行了重大的迁移，迁移到华盛顿之外的联合、统一的司令部，特别是战略部队和下面四个区域：欧洲、太平洋、中部、南部。到这些司令部就职对那些雄心勃勃的官员而言是值得骄傲的事情，这五个司令部首长的声音和部门首脑的声音一样的具有影响力。
五角大楼第一次开始对恐怖主义感到担心是因为70年代的人质绑架。1976年6月，巴勒斯坦恐怖分子截获了一架法航班机并降落在乌干达的恩德培，105名以色列人和其他犹太人被作为人质。一支以色列特别行动队突袭了飞机，杀死了所有的恐怖分子，营救出了所有（除了一名以外）人质。1977年10月，一支西德特种部门如法炮制，袭击了停留在摩加迪沙机场停机坪上的一架汉莎公司的飞机：杀死了所有的恐怖分子，安全救出了所有的人质。白宫、国会以及新闻媒体向五角大楼提出了这样一个问题：美国是否准备就绪，有能力采取类似的行动？当时的答案是“没有”。陆军方面立即着手创立德尔塔部队（Delta Force），其任务之一就是营救人质。
对新部队的第一次测试并不成功。1980年4月的伊朗人质危机中，海军直升机载着海军陆战队员飞往德黑兰东南200英里的沙漠一号营地，准备在那里和载有德尔塔部队突击队员和燃油的空军飞机会合。不那么猛烈的沙漠风暴使三架直升机出现故障，指挥官命令终止行动。但是地面的混乱造成八架飞机损失，五名空军和三名海军陆战队员丧命。这次的失败被称为“沙漠一号”，在军队成员中一直记忆犹新。它也间接促成了稍后的Goldwater-Nichols改革。
1983年发生了真主党在贝鲁特对陆战队的屠杀。里根总统迅速从黎巴嫩撤出了美国军队——圣战分子后来一直用作反面教材，来证明美国的软弱。详细的调查后，设立了一系列新的步骤，驻扎在国外的军队对这些要求应该习以为常。例如，它牵涉到很多防卫措施，包括不光要警惕陌生轿车和卡车，也要提防头上的不明飞机。“保护军队”成为国防部费时费力最重要的一块。
10年后，军方有了另一个经历，重新唤起了人们对“沙漠一号”以及从贝鲁特撤军的回忆。第一位布什总统曾授权使用美国军事力量来保证在饱受战火摧残的索马里进行的人道主义救援。部落小股武装和救援部队有过冲突。1993年秋，美方指挥官认定问题的主要根源来自一位军阀Mohammed Farrah Aidid。一支空军特别行动组在摩加迪沙进行了突袭准备将其抓获。漫漫长夜过去后，两架黑鹰直升机被击落，73名美国人受伤，18名阵亡。全世界的电视屏幕上都播放着这样的图像：一具美军士兵的尸体被欢呼雀跃的索马里人拖拽在街道上。克林顿总统受到来自国会的压力，下令撤出美军。“黑鹰坠落”和“沙漠一号”一起成为美国军人中的一个象征、一个暗语，用来提醒大家，如果没有最完善的准备、压倒性的军事力量、完备的计划，这样的探险之举风险巨大。
1995-96年间，国防部开始下功夫，策划如何应对国内恐怖分子拥有大规模杀伤性武器（WMD）的情况的可能性。1997年开始讨论国土防卫之国内指挥中心。1999年，参谋长联席会议提出了一个概念，建立一个国内联合指挥中心。国会否决了这个想法。国防部另外成立了联合部队司令部，位于佛吉尼亚Norfolk。它负责国内紧急事件——不论是自然事件还是人为事件——的军事反应。
根据Nunn-Lugar-Domenici国内备战计划（Nunn-Lugar-Domenici Domestic Preparedness Program），国防部于1997年开始在120个最大的城市中训练第一反应人员。作为其努力的关键一部分，国防部创立了国民卫队WMD民防支援组，在出现牵涉到WMD的恐怖主义事件时作出响应。到2001财年，共授权成立了32个这样的国民卫队小组。这些小组由州长指挥，向民事部门提供支持，评估袭击的性质，提供医疗和技术方面的建议，协调州和地方的反应。
与国务院一样，国防部也有一个协调员，在牵涉到反恐的部门间委员会中代表国防部。克林顿总统第一届任期结束时，该官员成为国防部助理部长，负责特别行动和小规模冲突。
80年代的经验表明，军方如果要在反恐中扮演角色，那也会是传统的角色——打击那些在恐怖主义背后撑腰的政府。军方该如何做，也有一个看起来很不错的示例。1986年，柏林一家迪斯科舞厅发生炸弹爆炸，杀死了两名美国士兵。得到的情报明确地指向利比亚上校卡扎菲。里根总统下令对利比亚进行空中打击。这一行动也是有代价的：美国损失了两架飞机。日后积累的证据（包括1988年泛美103航班爆炸事件）清楚的说明，这一行动并未阻止卡扎菲对恐怖行动的兴趣。不过，在当时本次行动还是被认为是成功的。利比亚事件给予我们的经验是，使用美国的空中力量对恐怖行动的始作俑者或者支持者予以打击，将可以阻止恐怖主义。
克林顿政府早期使用战斧导弹进行空袭就是应用这一经验的例证。老布什当时计划访问科威特，并接受因其在1991年的海湾战争中对科威特的解救而获得荣誉表彰。科威特安全部门警告华盛顿说伊拉克特工正策划暗杀这位美国前总统。克林顿总统除了下令采取预防措施保护老布什，还要求提供对伊拉克进行报复的方案。五角大楼提出了12个目标用战斧导弹进行攻击。就可能造成的平民伤亡，白宫和CIA进行了讨论，将列表中的目标数削到3个，最后只有一个：位于巴格达中心的伊拉克情报总部。袭击在晚间开始，以减少平民的伤亡。一共发射了23枚导弹，除了造成一名平民身亡，行动取得圆满成功：情报总部变成了一片废墟。之后，再也没有伊拉克策划的恐怖主义行动的情报。
1986年对利比亚的袭击和1993年对伊拉克的袭击标志着在反恐斗争中应如何有效应用军方的力量：使用空中力量进行有限的报复，目的着重在威慑作用。可是，当对手是一个组织松散、横跨数国的网络时，这样的威慑有效果吗？这可是一个很难的问题。