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和恐怖主义打交道过去不是（现在也不是）美国政府中任何一个机构的唯一职责，因此就有必要存在某种协调机制。如果恐怖主义问题还不突出，国务院可以担当这个角色。但在伊朗人质危机期间，这一步骤被忽略了，因为当时的国家安全顾问Zbigniew Brzezinski接手负责危机管理。
由总统的工作人员协调反恐的做法在里根政府中得以继续并随之正式化。海军陆战队士兵在贝鲁特被屠杀事件后，里根总统签署了国家安全法令138号，要求“防御措施从被动转向主动”，并重新设置或增加新的资源使得这一转变有效。它要求国务院“加强努力，达成和其他政府的合作”，要求CIA“加强联络工作和其它情报手段的使用，开发出计划和能力，料敌机先，先发制人，阻止团体和个人针对美国进行袭击的计划。”
1985年7月，里根总统在美国律师协会（American Bar Association）发表演讲，将恐怖主义定性为“战争行为”并宣布：“地球上不应该有这样的一个地方，而这些禽兽们可以在那里安全的休息、训练或锻炼那些凶残而致命的技能。我们应该一起行动，或者在必要情况下单方面行动，以确保在任何地方都没有恐怖分子的庇护所。”对利比亚的空袭可以视作这一战略的宣言。
里根总统第二任期的大部分时期，反恐的协调由一个国家安全副顾问领头的高级部门间委员会加以监督。但是里根政府结束时发生了重大的丑闻，这给白宫是否应该指导反恐的想法蒙上了阴影。
里根总统当时的担心是，真主党劫持美国人质，并加以定期的杀害。他自己签署一项法令也限制了他。他不可以向他大力支持的尼加拉瓜反共Contra游击队运送军事援助，否则就是违法。他的国家安全顾问Robert McFarlane以及他的副手John Poindexter海军上将认为如果美国悄悄的和伊朗进行谈判，用有限量的武器来交换人质的话，人质问题可能得到解决，同时美国在中东的地位会得到改善。Shultz和Weinberger第一次、也是唯一一次联合在一起，反对McFarlane和Poindexter的方法。
McFarlane和Poindexter的一位下属，海军陆战队中校Oliver North制定了这样一个计划，用美国的武器交换人质，同时将出售武器所得转给Contras游击队，从而规避了美国法律。他这么做可能是得到了当时中情局局长William Casey的支持。1
事件真相在1986和1987年被揭露后，人们感觉又好像一下子回到了那秘密行动被滥用的70年代。只是这一次，不是雪茄里藏毒品或者黑手党袭击之类的故事，人们听到的证词说，McFarlane对德黑兰进行了一次秘密访问，他使用了化名，手里还托着一块巧克力蛋糕，蛋糕上用糖衣做成一把钥匙的样子。特别委员会进行的调查导致对McFarlane，Poindexter，North以及其他10名人员的起诉，其中包括来自CIA秘密行动组的高级官员。调查指出了忠诚执法的义务和官方责任的重要性。对于911事件而言，伊朗门事件的重要性在于，部分机构对于来自白宫的任何行动指令都会产生条件反射式的怀疑。
随着国家安全顾问功能的扩展，顾问团队——通常被称为国家安全委员会——的程序和架构也越来越正规。顾问为总统的指令提供所谓的推荐意见，不同的总统对此有不同的称呼。克林顿总统称之为总统决策指令；小布什总统称之为国家安全政策指令。这些文件以及很多其他需要总统批准的文件在多部门委员会完成，后者的成员通常是副部长级别或仅次于之级别的代表。NSC成员有高级总监，通常他们会作为主席来协调协议以反映出自国家安全顾问的更广泛的利益。
克林顿总统任职后，他立即决定从白宫中协调反恐。1993年1月25日，巴基斯坦伊斯兰极端分子Mir Amal Kansi在通往位于佛吉尼亚CIA总部的主要高速公路入口处枪杀了两名CIA员工。Kansi随即驾车逃逸，过后很久才在海外被抓获。1个月后发生了世贸中心爆炸案，几周后，发生了伊拉克针对前总统老布什的阴谋。
克林顿总统的第一位国家安全顾问Anthony Lake保留了布什政府中处理犯罪、药品和恐怖主义（这一组合通常被称为“毒品与谋杀”）的那位富有经验的公务员Richard Clarke。克林顿总统和Lake转而要求Clarke进行反恐协调的日常工作。不久之后，他将领导一个最终被称为反恐安全小组（Counterterrorism Security Group，CSG）的中层多部门委员会。稍后，我们还会讲到Clarke如何晋升为安全顾问，并随后成为美国反恐努力的管理者。
当谈及因刺杀老布什总统而激起的对伊拉克实施的导弹袭击时，克林顿总统这样说：“从我们革命的第一天起，美国的安全就建立在这一清晰明了的消息之上：不要惹我们。坚定而又相应的回应至关重要，对保护我们的主权、向那些有政府撑腰的恐怖分子发出消息、制止将来针对我们人民的暴力、确保政府文明行为的期望，都是如此。”
1995年1月的国情咨文中，克林顿总统承诺“将以全面的立法加强我们的力量，与恐怖分子战斗，不论他们在国内还是在海外向我们发起攻击。”到了2月，他向国会提出建议扩展联邦的刑事管辖，从而使得将恐怖分子驱逐出境、针对恐怖分子的资金筹集的行动可以更简单。5月早期，他提交了一整套强硬的修正案。期间的3月份，东京传来消息，奥姆真理教（Aum Shinrikyo）在地铁中释放了沙林神经毒气，12人丧生，数千人受伤。该组织在日本有大量地产和实验室，其办事处也遍布世界，有一个就在纽约。而FBI和CIA之前从来没有听说过它。4月发生了俄克拉荷马市的Murrah联邦大厦爆炸事件。最初怀疑是伊斯兰分子干的，但不是如此。放置炸弹的是两个美国反政府极端分子Timothy McVeigh和Terry Nichols。克林顿总统要求修改他之前的提案，增加FBI进行窃听和电子监视的权力，并要求爆炸物要带有可跟踪的示踪剂，不光为FBI和CIA，还要为当地警局提供大量新的资金。
1995年6月，克林顿总统签发了一个秘密指令——总统决策指令39号（PDD 39），指令说道美国应该“制止、击败并有力地回应发生在我们领土上、针对我们公民的任何恐怖袭击”。指令中将恐怖主义称为国家安全事务，同时也是犯罪行为，并对各个部门分配了职责。在东京事件的警告下，克林顿总统将做好准备，查出并应对牵涉到化学品、生物制品和核武器的恐怖主义行动，作为他的职员和所有部门的最最最高优先级。
1995到96年间，克林顿总统花费了大量的时间来寻求其它国家的合作，拒绝为恐怖分子提供庇护。他提议大幅度增加FBI的预算，增幅的大部分将专用于反恐。对于CIA，他原则上停止了对其资源分配的削减，并支持追加资金用于反恐的请求。
1996年克林顿总统再次当选总统，在宣布他的新的国家安全队伍时，他将恐怖主义置于美国所面对的若干挑战列表中的第一位。到了1998年，本拉登发布法特沃和其它警告后，克林顿总统接受其国家安全顾问Samuel "Sandy" Berger的建议，授予Clarke协调员的职位，负责安全、基础设施保护和反恐的协调。他签发了两个PDD（62号和63号），它们建立在PDD 39中要求的部门任务分派的基础上；开拓了10个反恐的领域；提升了Clark管辖这些任务的权力——至少是在纸面上。出于某种担心，尤其是来自首席检察官Reno的担心，这一新的权力的定义使用了精准而又限制性的语言。Clarke只是就预算“提供建议”，“协调部门间一致同意的指导方针的开发”以采取行动。
在内阁级别的部长委员会（Principals Committee）讨论Clarke的事务时，他可以获得出席资格。对一位白宫官员而言，这可是非比寻常的一步。他的跨部门机构CSG通常向仅次于部长级别的官员组成的代理委员会报告，除非Berger要求他们直接向部长们汇报。补充指令63号定义了关键的国家基础设施的要素，并考虑了保护它的方法。这两个指令合在一起，基本上就形成了这样的局面：国内事务由司法部和FBI负责，海外的恐怖主义由CIA和国务院负责，而其它的部门则在Clarke和Berger的协调之下工作。
1998年5月，总统在海军军官学校毕业典礼的讲话中，解释了这些新的安排和他的担忧。他说：
“首先，我们将使用这一新的综合手段来加强针对各种形式的恐怖主义的战斗：不管他们藏身何处，要将其缉拿归案；与其他政府合作，消灭他们在海外的庇护之所；快速而有效的应对，从而保护国内和海外的公民不受恐怖主义袭击。其次，我们将启动一个全面的计划，侦测、制止针对我们关键基础设施，电力系统、供水系统、警察、消防、医疗服务、空中交通控制、金融服务、电话、计算机网络的袭击，并加以保护。……第三，我们将进行协调一致的努力，防止生物武器的扩散和使用。而一旦一个流氓政府、恐怖组织或者国际犯罪集团释放了这些恐怖的武器，我们的人民也会得到保护。……最后，我们还要做的更多，来保护我们的平民百姓不受生物武器的袭击。”
很明显，总统对于恐怖主义的担心在持续增长。这一高度的担忧在1999年早期更加明显。当时在国家科学院讲话时，他说出了迄今最忧郁的说辞：如果美国在毫无准备的情况下被恐怖分子用大规模杀伤性武器或者强有力的太空武器袭击，不敢想象会发生什么。