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波斯顿：美航11航班及美联航175航班。Atta和Omari要搭乘的是由波特兰起飞前往波士顿洛根国际机场，早晨6时的航班。
当Atta登机准备前往波士顿时，他被计算机预过滤系统（即CAPPS，Computer Aided Passenger Prescreening System）选中。创建这个系统是用来标识那些应该受到特殊安全措施检查的旅客。在当时实施的安全条例中，Atta被CAPPS选中的唯一后续动作就是：除非确认他已经登机，那么他的托运包裹不会载机。但这并没有妨碍Atta的计划。
Atta和Omari于6点45分抵达波士顿。7分钟后，很明显，Atta收到了Marwan al Shehhi的电话。后者是Atta多年的同伙，打电话时在洛根机场的另一个终端。他们通了3分钟的话。这应该是他们最后的对话。
在6点45分到7点40分之间，Atta和Omari，以及Satam al Suqami，Wail al Shehri，Waleed al Shehri登机美航11航班。该航班预定飞往洛杉矶，预定起飞时间为7点45分。
在洛根机场的另一个终端，Shehhi以及Fayez Banihammad，Mohand al Shehri，Ahmed al Ghamdi，Hamza al Ghamdi登机美联航175航班。该航班同样飞往洛杉矶。Shehhi的一些同伴显然不怎么旅行；一位美联航票务员回忆道，他们理解标准的安全提问都有问题，她必须慢慢向他们讲述，他们才给出了常规的、确定性的回答。他们的航班预定起飞时间是8点。
乘客（包括Atta及其同伙）经由，并最终到达美航11航班登机口的安全检查点由美航承包给Global Security运作。在另一个终端，旅客经由并达到美联航175航班的单一检查点由美联航控制，并承包给Huntleigh USA进行筛选工作。
经过这些检查点时，每个劫机者应该都经过了金属探测门的检测。金属探测门的灵敏度校准到可以探测出任何含有相当于一支.22口径手枪的金属含量的物件。任何人如果触发了该探测器，他将被手动探测器再次检查。这一步骤中会要求探测人员确定引起警报的金属物件。另外，劫机者的随身行李也会有一台X光机器进行扫描。设立这个扫描是为了标识并没收武器以及其它被禁止带上商务航班的物件。没有任何检查点的官员们能回忆起劫机者，或者报告了在检测过程中的任何可疑情形。
Atta在波特兰被选中进行CAPPS，与此同时，劫机团队中的三个成员：Suqami，Wail al Shehri和Waleed al Shehri在波士顿也被选中。他们被选中只影响了其托运行李的处理，并未影响他们在检查点的检测。所有5人通过了检查点，走向美航11航班的登机口。Atta，Omari和Suqami在商务舱（座位号分别是8D，8G和10B）。Shehri兄弟在头等舱相邻的两个座位（Wail在2A，Waleed在2B）。他们在7点31分到7点40分之间登机美航11航班。飞机脱离闸口的时间是7点40。
Shehhi和他的团队中没有任何人被CAPPS选中，于7点23分到7点28分之间登机美联航175航班。Banihammad的座位在2A，Shehri在2B，Shehhi在6C，Hazma al Ghamdi在9C，Ahmed al Ghamdi在9D。他们的飞机稍微不到8点的时候脱离了闸口。
华盛顿杜勒斯：美航77航班。波士顿西南数百英里，位于华盛顿特区弗吉尼亚郊区的杜勒斯国际机场，还有5个人准备搭乘清晨的航班。7点15分，其中两人：Khalid al Mihdhar和Majed Moqed，在美航票务台登机美航77航班，飞往洛杉矶。在接下来的20分钟内，Hani Hanjour和两兄弟Nawaf al Hazmi，Salem al Hazmi也跟着登机。
Hani Hanjour，Khalid al Mihdhar以及Majed Moqed被CAPPS挑中。Hazmi兄弟也被航空公司在登机台的客户服务代表挑中进行额外的检查。他这么做是因为两兄弟中的一个没有任何相片可以确认，也不懂英语，同时也因为他觉得这两人比较可疑。他们被挑中的唯一后续动作是，在确认他们登机后，他们的托运行李才会被装载到飞机上。
所有五个劫机者都通过了主终端的西安全检查点。美联航是航班的实际承运商，它将安检工作外包给了Argenbright Security。检查点配有闭路电视，记录了受检的所有旅客（包括劫机者）。7点18分，Mihdhar和Moqed来到安检点。
Mihdhar和Moqed将他们的随身行李放在X光机器的传送带上，走入第一个金属探测门。两人都激发了警报并被要求到第二个金属探测门进行检测。Mihdhar这次没有激发警报，被允许通过检查点。而Moqed再次激发警报，于是对他进行了手工检测。他通过了这次检测。
大约20分钟后，在7点35分，77航班的另一位乘客Hani Hanjour抵达主终端的西安全检查点，他在X光机的传送带上放上两个包，并继续通过金属探测门，没有激发警报。不久，Nawaf和Salem al Hazmi抵达同一个检查点。Salem al Hazmi通过了金属探测门，被允许前进；Nawaf al Hazmi激发了第一个、第二个金属探测门的警报，然后通过了手工检测才继续前进。另外，他的跨肩背包也由爆炸物痕迹探测仪进行探测并通过。录像表明他的后口袋中有一个无法识别的物体，夹在口袋边缘。
当日后联邦航空局（FAA，Federal Aviation Administration）负责当地民航安全的官员开始着手调查这些安检措施时，安检员回忆不出任何不寻常的事情。他们不能回忆起其检查的任何旅客中谁是CAPPS选中的人。我们请一位安检专家重看了手工检测的录像带，他认为当时那位安检员的工作质量“近乎最好”。安检员应该“解决”了引起警报的问题。但在本案中，对于Moqed和Hazmi而言，他显然没有做到。
7点50分，Majed Moqed和Khalid al Mihdhar登机，分别坐在经济舱的12A和12B。Hani Hanjour很快跟上，分配到1B（头等舱）。Hazmi兄弟坐在5E和5F，和Hanjour一样在头等舱。
纽瓦克：美联航93航班。7点03分到7点39分之间，Saeed al Ghamdi，Ahmed al Nami，Ahmed al Haznawi以及Ziad Jarrah在美联航的票务口登机93航班，飞往洛杉矶。两人有托运行李；另两人没有。Haznawi被CAPPS挑中。他的托运行李进行了爆炸物扫描然后装载进飞机。
四人通过了安检点。该安检点由美联航拥有，实际运作由Argenbright Security负责。和波士顿的检查点一样，它没有配备闭路电视。因此没有任何文件证据表明劫机者何时经过检查点，可能触发了什么警报，采取了什么安检措施。FAA稍后与安检员进行了面谈，没有人回忆起任何不正常或可疑的情况。
四人在7点39分到7点48分间陆续登机，都在头等舱。他们搭乘的飞机没有商务舱。Jarrah的座位在1B，最靠近驾驶舱，Nami在3C，Ghamdi在3D，Haznawi在6B。
这19个人登上了四架洲际航班。他们计划劫持这些飞机，将飞机变成载有11,400加仑汽油的大型制导导弹。8点之前，他们打败了所有当时为防止劫机而布设的美国民航安全系统。
美航11航班提供的是从波士顿到洛杉矶的中途不停靠航班。9月11日那天，机长John Ogonowsi和副机长Thomas McGuinenes负责驾驶该架波音767。机上有全员9名乘务员。与他们一同在机上的一共有81名乘客（包括5名恐怖分子）。
飞机于7点59分起飞。8点14分不到一点，攀升到了26,000英尺，而不是最初指定的29,000英尺的巡航高度。所有的通信和飞行参数都正常。此时，“系上安全带”的指示灯通常应该已经熄灭，乘务员应该开始了舱内服务。
与此同时，美航11与位于波士顿的FAA空塔（ATC，Air Traffic Control）中心进行了最后一次常规通信，以确认其收到的由后者发出的导航指令。该通信后16秒钟，ATC命令飞机攀升到35,000英尺。该信息以及之后所有尝试联系飞机的信息都没有收到确认。根据这点以及其它证据，我们相信劫机发生于8点14分或稍后一点的时间。
来自经济舱的两位乘务员，Betty Ong和Madeline “Amy” Sweeney的报告向我们描述了我们所知的劫机过程的大部分内容。一开始，某些劫机者——很可能是Wail al Shehri和Waleed al Shehri，因为他们坐在头等舱的第二排——他们刺伤了两名手无寸铁、正准备进行舱内服务的两名乘务员。
我们并不很确切的知道劫机者是如何获得驾驶舱的控制的。FAA条例规定这扇门在飞行期间应保持关闭并锁上。Ong推测他们“挡了她们的路”从而得以进入。也许恐怖分子刺伤了乘务员而得到了驾驶舱的钥匙，强迫她们中的一个打开驾驶舱，或者引诱机长或副机长走出了驾驶舱。或者，乘务员只是恰好在他们的行动路线上。
同时，或不久之后，Atta应该从他的商务舱进入了驾驶舱，也许还有Omari相随。Atta是机上恐怖分子中唯一受到飞行驾驶培训的人。这些事情发生时，乘客Daniel Lewin就坐在Atta和Omari的后一排，被某个劫机者——也许是Satam al Suqami，因为他就坐在Lewin后面——刺伤。Lewin在以色列军队中服役四年，是名军官。他也许想尝试阻止坐在他前面的劫机分子，但没有意识到另一个就坐在他后面。
劫机者很快就获得了控制并开始在头等舱释放梅斯催泪毒气，辣椒喷雾或者其它刺激性气体，从而迫使乘客和乘务员向飞机的后部靠拢。他们声称手上有炸弹。
劫机开始后大约5分钟，Betty Ong通过一架AT&T机上电话联系了位于北卡罗来纳州卡里的美航东南部订票办公室，报告了在机上的紧急状况。乘务员采取了他们受训内容之外的行动，因为他们受训的内容是在劫机时，他们应该和驾驶舱人员进行交流。911事件中有若干次这样的行动，本次是第一次。这次紧急通话大约持续25分钟，期间Ong冷静而专业的将机上发生事情的信息传递给地面的权威机构。
8点19分，Ong说道：“驾驶舱没有回应，有人在商务舱被刺伤——我觉得那里有梅斯——我们无法呼吸——我不知道，我想我们被劫持了。”然后她提到了两名乘务员被刺伤的情况。
8点21分，收到Ong电话的美航北卡的一位员工Nydia Gonzalez，向位于德克萨斯州福特沃斯的美航运营中心报警，接线的是值班经理Craig Marquis。Marquis很快意识到这一紧急情况，并要求负责该航班的航空公司调度员与驾驶舱取得联系。8点23分，调度员联络驾驶舱失败。6分钟后，美航运营中心的ATC专家就该航班联络了FAA波士顿的ATC。后者已经知道了这一问题。
波士顿中心知道机上出了问题，部分的原因是就在8点25分前，劫机者试图和旅客进行通话。麦克风被按下，很快一名劫机者说道：“谁都别动。就会好起来的。如果你们试图进行任何移动，会危险到你自己和飞机。保持安静。”ATC听到了这一通话，而Ong没有。劫机者可能不知道如何正确操作驾驶舱中的通信系统，从而无意间将他们的通话经由ATC频道而不是机舱公共频道发布。在8点25分和8点29分，Amy Sweeney接通了波士顿的美航航班服务办公室，但在她提到机上有人受伤后通话被切断。三分钟后，Sweeney再次接通办公室并开始向经理Michael Woodward传递近况。
8点26分，Ong汇报说飞机“飞行很不规律”。一分钟后，11航班转向南方。美航也开始标识劫机犯，因为先是Ong然后是Sweeney将那些未经许可就进入驾驶舱的人的部分座位号传递了回来。
Sweeney在电话中冷静的汇报说飞机被劫持了；头等舱有个人喉咙被砍；两名乘务员被刺伤，其中一名伤势严重正在吸氧，另一名伤势略轻；已经要求一位大夫；乘务员无法联络驾驶舱；驾驶舱中有炸弹。Sweeney告诉Woodward，她和Ong将试着向地面人员传递尽可能多的信息。
8点38分，Ong告诉Gonzalez飞机的飞行又开始不规律了。差不多此时，Sweeney告诉Woodward劫机者是中东人，并给出了其中三个的座位号。一个不怎么会讲英语，一个英语说的非常出色。劫机者已经进入驾驶舱，但她不知道是如何做到的。飞机正急遽下降。
8点44分，Gonzalez报告说与Ong失去了电话联系。也就在此时，Sweeney向Woodward汇报说：“有点不对劲。我们在急速下降……到处都是人。”Woodward要求Sweeney向窗外看去，是否能确定他们在哪里。Sweeney回应说：“我们飞的很低。我们飞的非常非常低。我们飞的实在太低了。”片刻后她说道：“上帝啊！我们飞的实在太低了。”电话终止了。
8点46分40秒，美航11航班撞上了纽约市世贸大厦的北塔。所有机上人员以及塔内未知数量的人员均立即死亡。
美联航175航班预定8点起飞，飞往洛杉矶。由机长Victor Saracini和副机长Michael Horrocks驾驶这架波音767。机上有7名乘务员和56名乘客。
美联航175航班7点58分离开闸口，8点14分起飞离开洛根机场。8点33分，它到达预定的31,000英尺的巡航高度。乘务应该已经开始舱内服务。
175起飞之时正是美航11被劫持的时候。8点42分，175航班的机组人员完成了他们偶然听到的从另一架飞机（事后证明是美航11航班）起飞不久后发出的“可疑通话”的报告。这也是175航班和地面的最后一次通信。
劫机者于8点42分至8点46分之间发起的攻击。他们使用了刀子（两名乘客和一名乘务的报告）、梅斯（一名乘客的报告），并威胁有炸弹（部分乘客的报告）。他们刺伤了乘务员（一名乘务员和一名乘客的报告）。两名机长均被杀（一名乘务员的报告）。目击证人的陈述来自飞机后部打出的电话，来自本来坐在机舱更前部的乘客。这表明乘客（可能连乘务员）迁移到了飞机后部。基于和美航11航班相同的劫机者座位，以及目击者报告的战术和武器，以及（我们认为是）团队领导Atta和Shehhi之间的通话，我们相信两架飞机上的战术是类似的。
8点47分，飞机在一分钟内更改了两次灯塔代码。这是第一个操作层面的证据，表明175航班出了问题。8点51分，飞机偏离了预定的高度。一分钟后，纽约ATC开始重复尝试与的联络，但都以失败告终。
8点52分，康涅狄格州伊斯顿，一位名叫Lee Hanson的男子收到他儿子Peter的电话。Peter是175航班上的乘客。他儿子对他说：“我想他们控制了驾驶舱——有一个乘务员被刺伤——前面也可能有人被杀。飞机飞行的很古怪。打给美联航——告诉他们我们是175航班，从波士顿到洛杉矶。”Lee然后打给了伊斯顿警察局，并转述了他听到的内容。
还是在8点52分，一名男乘务员打给旧金山的美联航办公室，接听的是Marc Policastro。乘务员汇报说飞机被劫持了，两名机长被杀，一名乘务员被刺伤，有可能是劫机者在驾驶飞机。通话持续了大约2分钟，之后Policastro和一位同事试图联系航班，但没有成功。
8点58分，飞机取向飞往纽约。
8点59分，175航班乘客Brian David Sweeney试图给他妻子Julie打电话。他在家中的答录机上留言说飞机被劫持了。他然后打给他母亲Louise Sweeney，告诉她飞机被劫持，并补充说乘客们在商量是否要袭取驾驶舱，将飞机的控制权从劫机者手中夺回来。
9点整，Lee Hanson收到他儿子Peter的第二个电话：
“事情不妙，爸爸——一个乘务员被刺伤了——他们看起来有刀子和梅斯——他们说有炸弹——机上情况非常不好——乘客被抛起，开始呕吐——飞机进行着不稳定的飞行——我不认为是机长在飞——我想我们在下降——我想他们要飞往芝加哥或者别的地方然后去装什么大楼——不用担心，爸爸——如果真是这样，那会非常快——我的上帝，我的上帝！”
通话突然终止了。终止前Lee Hanson还听到一名妇女的尖叫。他打开电视，Louise Sweeney在她家中也打开了电视。他们都看到第二架飞机撞击了世贸中心。
9点03分11秒，美联航175航班撞击了世贸中心的南塔。所有机上人员以及塔内未知数量的人员均立即死亡。
美航77航班预定8点10分从华盛顿杜勒斯起飞，飞往洛杉矶。飞机型号为波音757，机长为Charles F. Burlingame，副机长是David Charlebois。9月11日当日，机上有4名乘务员，58名乘客。
77航班8点09分脱离闸口，并于8点20分起飞。8点46分，飞机攀升至预定的35,000英尺巡航高度。舱内服务应该已经开始。8点51分，77航班发送了它最后一次的常规无线电通信。劫机发生于8点51分到8点54分之间。和美航11航班、美联航175航班一样，劫机者使用了刀子（一名乘客的报告）并将所有乘客（也许包括乘务员）转移到飞机的后部（一名乘客和一名乘务员的报告）。与之前的航班不同，一名乘客报告说77航班的劫机者持有开箱刀。还有一名乘客报告说“机长”发表声明说飞机被劫持。虽然两位目击者在飞行伊始都在头等舱中，他们第一手的描述都没有提到伤害，也没有提到威胁有炸弹或使用了梅斯。
8点54分，飞机偏离了预定的航线，转向南面。两分钟后， 异频雷达收发机被关闭，甚至与飞机的主雷达接触也丢失了。印第安纳波利斯ATC不断重复与飞机沟通，但均失败。美航调度员也尝试了，也不成功。
9点，美航执行副总裁Gerard Arpey得知与77航班的通信已经丢失。如今是第二架美航的飞机出问题了。他命令所有东北部还没有起飞的美航航班停留在地面。9点10分不到一点，怀疑77航班已经被劫持，美航总部得出结论，撞击世贸中心的第二架飞机很可能是77航班。得知美联航也损失了一架飞机后，美航总部决定在全国范围内实施禁飞令。
9点12分，Renee May打给她母亲Nancy May，后者住在拉斯维加斯。她说她的航班已经被6个人劫持，并把他们转移到了飞机后部。她请她母亲向美航报警。Nancy May和她的丈夫立即这样做了。
9点16分和9点26分之间，Barbara Olson打给她丈夫Ted Olson。Ted是美国副检察长。她报告说飞机被劫持，劫机者有刀和开箱刀。她更指出劫机者并不知道她在打电话，而且他们将所有的乘客都防止在了飞机的后部。通话持续了大约一分钟后被掐断。副检察长Olson试图联系首席检察官John Ashcroft，但没有成功。
第一次通话后不久，Barbara Olson再次接通了她丈夫。她报告说，机长发表声明说飞机已被劫持，她同时问她丈夫她应该就如何做向机长说些什么。Ted Olson询问她的位置，她回答说飞机正飞过房子。另一位旅客告诉她他们正向东北方向飞行。副检察长然后向妻子通报了前两次劫机和撞击。她并未表示出恐慌，也没有任何迹象表明她知道即将发生的撞击。此时，第二次通话被切断。
9点29分，77航班的自动驾驶被取消。飞机飞行高度约7,000英尺，位于五角大楼以西38英里。9点32分，杜勒斯终端雷达接近控制的控制员“观察到一个主雷达目标正以高速向东飞行。”后来证实，这就是77航班。
9点34分，罗纳德·里根华盛顿国家机场向特勤部报告说一架未知飞机正向白宫方向飞行。77航班此时在五角大楼西南偏西5英里处，开始一个330度的转弯。转弯结束后，它的高度降到了2,200英尺，指向五角大楼和华盛顿特区郊外。劫机者此时将油门开到最大，向五角大楼俯冲。
9点37分46秒，美航77航班坠毁在五角大楼，时速高达530英里。 所有机上人员以及楼内大量文官、武官均被杀死。
8点42分，美联航93航班从新泽西纽沃克自由国际机场起飞，准备飞往旧金山。飞机由机长Jason Dahl和副机长Leroy Homer驾驶，有五名乘务员。包括劫机者在内的37名乘客在飞机上。虽然计划于8点离开闸口，但是该波音757的起飞还是由于该机场早晨常见的繁忙交通而延迟了。
劫机者有计划的搭乘预定7点45分起飞的美航11，8点起飞的美联航175和美联航93，以及8点10分起飞的美航77。这些航班中有三个航班在其预定起飞时间的10到15分钟内完成起飞。美联航93航班应该也能在离开闸口的大约15分钟内起飞。当它于8点42分起飞时，航班已经延误了超过25分钟。
美联航93航班离开纽沃克时，机组成员并不知晓美航11航班已被劫持。大约在9点，FAA，美航和美联航正面对多重劫机的惊人现实。9点03分，他们将目睹另一架飞机撞击世贸中心。FAA的危机处理经理和航空公司还没有警告其它的航班。同时，波士顿中心意识到美航11航班的劫机者（驾驶员）在8点25分不到一点时传送的一条信息中包含这样的语句：“我们（手上）有些飞机”。
当时，FAA和航空公司从来没有处理过多重劫机。这样的一个预谋30年内未曾在世界范围内实施，从来没有在美国实施过。当劫机的消息在FAA和航空公司内传递的时候，他们的领导部门看起来并未想到有必要警告那些在空中的航班，警告他们也可能有被劫机的危险。
美联航175于8点42分到8点46分之间被劫持，8点51分后该航班被劫持的消息开始散播。美航77于8点51分到8点54分之间被劫持。到了9点，FAA和航空公司的官员开始意识到劫机者正在进行多重劫持。美航的全国范围内的停飞于9点05分到9点10分之间实施，稍后是美联航的停飞。波士顿中心的FAA控制员跟踪了前两个劫机，于9点07分要求Herndon指挥中心“给空中的飞机传递信息，加强驾驶舱的安全”。没有证据表明Herndon执行了这一动作。波士顿中心立即开始推测其它可能受到威胁的航班，其注意力被引向一架洲际航班：德尔塔1989（事后证明它并未被劫持）。9点19分，FAA位于新英格兰的区域办公室打电话给Herndon并要求克利夫兰中心指令德尔塔1989采取额外的驾驶舱安全措施。
几名FAA空中交通控制官员告诉我们，航班运行者有责任就安全问题通知他们的飞机。一位高级FAA空中交通控制经理说，命令航空公司向驾驶员说些什么根本就不是FAA的职责。FAA在保证民航安全、可靠方面具有责任；而这样的表述，我们相信，并未反应出充分的感激。
航空公司也同样负有责任。他们面对的情况是：关于其它航班的逐渐增加的，相互矛盾而大部分是错误的报告，还有就是一直缺乏来自FAA关于被劫持航班的至关重要的信息。然后我们没有任何证据可以证明美航在9月11日向其航班发送了任何驾驶舱安全的警告。直到9点19分，美联航才第一次向所有空中航班下达了明确的指令，要求其采取防卫措施。一位美联航的飞行调度员Ed Ballinger自主的向他管理的16架次洲际航班发送了警告：“小心任何针对驾驶舱的侵入——两架飞机撞上了世贸中心”。美联航93也是收到警告的航班之一。由于Ballinger还要负责其它的航班（包括165），他的警告信息直到9点23分才传送给了93航班。
根据所有的陈述，93航班前46分钟的飞行是正常的。来自飞机的无线电通信也正常。方向、速度和高度都按照计划执行。9点24分，美联航93驾驶舱收到了Ballinger的警告。两分钟后的9点26分，机长Jason Dahl带着疑惑回应道：“Ed，请确认最后一条信息——Jason。”
9点28分，劫机者开始攻击。美联航93正以35,000英尺的高度飞行于俄亥俄东部，突然下降了700英尺。持续下降11秒后，位于克利夫兰的FAA的ATC中心收到了来自飞机的共两次无线电通讯的第一次。在第一通信中，机长或者副机长高呼“Mayday”，同时伴随着驾驶舱中的搏斗声。35秒后，第二次通信表明战斗还在继续。机长或副机长大叫道：“嘿！出去——出去！滚出去！”
9月11日的早晨，美联航93航班上只有37名乘客：33名乘客加上4名劫机者。这一数字低于2001年夏季周二早晨航班通常的人数。但是没有证据表明劫机者为了他们行动的方便对乘客人数进行了操纵，或者购买了额外的座位。
911事件中，劫持其它三架民用航班的恐怖分子以五人为一组行动，并于起飞后30分钟内开始其对驾驶舱的接管。然而，在93航班上，接管发生于起飞后46分钟，也只有4个劫机者。有可能完整本航班行动小组的人是Mohamed al Kahtani。8月份他试图从福罗里达州奥兰多国际机场入境时，被一位审慎的移民官拒绝入境。
由于部分93航班的乘客描述机上有3名劫机者，而不是4名，有些人怀疑有一位劫机者是否坐在机舱前部靠近驾驶舱的折叠椅上。FAA条例允许经登记、被批准的人员使用这一座位，通常是机组人员或FAA人员。我们找不到证据说明任何劫机者或任何人坐在那个座位上。所有劫机者的座位都在头等舱，看起来他们也都坐在了那里。我们相信更可能的情形是，他们团队中受过飞行训练的Jarrah一直坐在座位上不为人知，直到他们攻占了驾驶舱。而一旦他进入驾驶舱，乘客们就无法看到他了。
9点32分，一名劫机者（可能是Jarrah）向（或者试图向）93航班上的乘客发表这样的声明：“女士们先生们，我是机长。请坐下，保持坐姿。机上有炸弹。所以，坐下。”飞行记录器（日后被找到）表明Jarrah命令飞机的自动驾驶系统将飞机掉头并飞向东面。
驾驶舱的语音录音数据表明，当时有一名妇女（很可能是一位乘务员）被囚禁在驾驶舱内。她试图反抗，然后一名劫机者杀死了她或者使她安静了下来。
不久后，乘客和机组人员开始用GTE机上电话和手机进行了一系列的通话。这些家庭、朋友、同事间的通话一直进行到飞行结束，并为地面人员提供了第一手的信息。通话使得乘客获得了至关重要的信息，其中就包括两架飞机撞击了世贸中心。
9点39分，克利夫兰FAA的空中交通路线控制中心听到了第二个声明。声明说机上有炸弹，飞机正飞回机场，乘客应坐在座位上。乘客们显然没有听到这一声明。和11航班和77航班上的声明一样，这一声明是为了欺骗乘客。和早先的Atta一样，Jarrah在不知情的前提下广播了这一消息，因为他不知道如何操作无线电和机内通话。据我们所知，他们中没有人之前曾驾驶过一架真正的飞机。
机上至少有两名乘客报告说劫机者知道乘客们在打电话，但看起来他们觉得无所谓。很有可能Jarrah知晓对世贸中心的攻击已经成功。他可能是通过美联航对包括93航班在内的洲际航班发出的消息知道的。消息对驾驶舱侵入提出警告，并提到了对世贸中心的攻击。但是，即使没有这些消息，他可能也能由于93航班从纽沃克的起飞延迟，而（在飞机还在地面时就）确定对世贸中心的攻击已经开始。如果Jarrah知道乘客们在打电话，他可能也没有想到乘客们肯定会知晓纽约发生了什么，从而识破他的诡计。
至少10名乘客和2名机组人员和地面上的家人、朋友、同事或其他人分享了重要信息。所有人都知道飞机被劫持。他们说劫机者挥舞着刀子并声称有炸弹。劫机者戴着红手帕，并迫使乘客向飞机后部转移。
通话者报告说有一名乘客被刺伤，两人躺在机舱地板上，受了伤或者死了——可能是机长和副机长。一人报告说有一名乘务员被杀。
93航班上的一名通话者还报告说他认为劫机者有枪械。但是其它人没有报告说有火器。一名接听者陈述说她特意询问打电话给她的人劫机者是否有枪械。该乘客回答说他没有见到。在飞机坠毁现场也没有找到有火器或者其可识别残留物的证据，驾驶舱录音设别也没有表明开了枪，也从来没有提到过有枪。我们相信，如果劫机者有枪的话，在最后乘客反击的时候，他们应该是会用上的。
三架航班的乘客都报告说劫机者声称有炸弹。FBI告诉我们在坠毁地点没有发现爆炸物痕迹。一名乘客提到有炸弹，但说他相信那是假的。没有证据可以表明劫机者是如何将这些非法物资偷运过安全检测点，我们相信炸弹很可能只是个幌子。
在至少五通电话中，分享了关于较早时候发生在世贸中心的攻击的信息。五通电话提到，乘客和幸存的机组人员准备反抗劫机者。根据一个通话的描述，他们投票决定是否要对劫机者进行冲击并重夺飞机。他们决定了，并行动了。
9点57分，乘客的反击开始了。几位乘客终止了和他们爱人的通话，加入了反击。一位乘客以这样的话语结束了她的通话：“所有人都往头等舱冲过去了。我也得去了。再见。”
由于有驾驶舱门的隔断，驾驶舱录音机记录下的乘客反击的声音很模糊。聆听该录音的乘客家庭成员表示他们在嘈杂声中听出了他们爱人的声音。我们无法分辨那到底是谁的声音。但是反击在持续。
作为回应，Jarrah立刻开始左右摇摆飞机，试图使乘客们失去平衡。9点58分57秒，Jarrah告诉驾驶舱内的另一名劫机者顶住门。Jarrah继续剧烈的左右摇晃飞机，但是反击还在继续。9点59分52秒，Jarrah改变了策略，将机头上下摆动以求打断反击。录音机记录下了巨大的打击声，撞击声，喊叫声，玻璃和盘子破碎的声音。10点0分03秒，Jarrah稳定住了飞机。
5秒后，Jarrah问道：“就这样了吗？一切结束了吗？”一名劫机者回应道：“不。还没有。他们都进来的时候，我们再结束。”打斗声不时从驾驶舱外传来。Jarrah再次将机头上下摆动。10点0分26秒，背景中一名乘客说道：“进入驾驶舱！不然我们就死定了！”16秒后，一名乘客吼道：“冲啊！”大约在10点01分0秒，Jarrah停止了剧烈的操作并说道：“安拉最大！安拉最大！”然后他问驾驶舱里的另一个劫机者：“就这样了吗？我是说，我们要不要坠落？”另一人回到：“是，就这样了，坠落吧。”
乘客们继续反击。10点02分23秒，一名劫机者说：“坠落！坠落！”劫机者们还控制着飞机，但肯定判断出乘客们将其制服是很快的事情。飞机开始向下，方向盘死死打向右边。飞机翻了个身，一名劫机者叫道：“安拉最大！安拉最大！”伴随着乘客反击声的持续，飞机以580英里的时速坠毁在宾夕法尼亚州香克斯维尔的一片空地上，离华盛顿特区大约20分钟的飞行时间。
Jarrah的目标是用他的飞机撞击美国民主的象征：国会山或者白宫。他的计划被93航班上警惕却手无寸铁的乘客们击溃了。